学园都市坐落在东京内部，占据三分之一东京大小的都市内居住着二百三十万人口，其中百分之七十都是在校生。
都市由二十三个教学区域组成，每个区域有各自不同的管理内容。都市以发掘学生的超能力而提供特殊的课程，学生们大多居住在各个校舍内，通过催眠，电击等方式获得能力。
都市每隔一段时间就会检查学生的身体。虽然通过能力划分出了0-5六个等级，但其实百分之六十的学生都是无能力者（level 0），超能力者（level 5）也只有七人。学园都市的治安主要是通过由学生组成的风纪委员（judgement）和由教师组成的警备员（anti-skills）组成。
现在已经进入了秋天，天气变得越来越冷。即使学园都市拥有领先世界三十年的科技，对于这种遇上这种大范围降温的事件也是无能为力。
不幸的是，名校常盘台中学的宿舍因为受到魔法阵营魔法结社成员的攻击不得不装修。无奈之下，装修完成之前只得让学生自己出去寻找住处。
“喂，bilibili，这就是你所说的从今晚开始要来我宿舍住的理由吗？”
路边一同行走的两名学生中带着刺猬头穿着白色校服衬衫的少年将手臂背在脖子后面，偏着头看着旁边的少女问道。
“那这算是同居吧？”
“不，不是啦！只是借宿，借宿！”
一旁穿着常盘台中学校服夏服的少女红着脸连连摇头说道。
“还有，我要说几遍你才能记住啊，我叫御坂美琴，不要bilibili的叫我！”
“真是的，常盘台附近不是有一家很不错的旅店么？bilibili你这个大小姐应该不缺钱吧。”
“黑子去那里了，我简直不敢想象在舍监不在的情况下黑子会做出什么变态的行为……初春说是工作方便就去177支部住了，佐天……哎呀，反正就是这样，你你你你你这个笨蛋到底答不答应吧！”
少女的刘海出冒出了蓝白色的火花，身子微微颤抖着。
少年挠了挠头，叹了口气，说:“那行吧，最近都市感觉也要发生什么事一样，警备员和风纪委员的巡逻次数也大大增加了，你就来我宿舍住吧。”
说完，少年在心里暗自想道:“本来养了一个吃货，好不容易清教本部找她有事，把她带走了，能睡一会床了，可惜现在又得睡浴缸了。唉，不幸啊！”
少年名为上条当麻，是某不知名高中的一名一年级生，上一次身体检测的结果不出意料是属于都市的底端——无能力者（level 0）。而一边的御坂美琴则是七名超能力者中的第三位，能力为操控电能的电击使，代号为超电磁炮（railgun）。
学院都市中，统括理事会会根据所有人的能力等级来发放每月补助，作为无能力者（level 0）的上条当麻每个月的补助几乎少的可怜，反而作为学院都市只有七名的超能力者（level 5）的御坂美琴则是处于钱多的花不完的地步。
这样两名身份差距犹如皇帝与平民的学生之所以能在一起愉悦地交谈有很大一部分原因是因为少年那神奇的能力——幻想杀手（imagine breaker），拥有能够将一切异能无效化的右手。
同时，少年也是为数不多的击败御坂美琴的人。按照御坂美琴的话来讲“你既然打赢了我超电磁炮御坂美琴，就该负起最低限度的胜者责任。你一定要表现得能让我挺起胸膛告诉别人，我是输给了一个这么厉害的男人。”
虽然少年由于失忆的缘故，对自己能够打赢她这件不可思议的事一点印象都没有。
自认为很不幸的少年一边叹着气一边往往宿舍的方向走着，迟钝的少年完全没有注意到身旁少女那通红得可爱的脸颊和微微带有期待的神情。二人的背影越走越远，配着天边瑰丽的晚霞，就像是童话里的王子公主一般。
“这个应该……算是……同居吧。这太让人受不了了啊，这个笨蛋完全察觉不到我们这样算是……”
“喂，bilibili你要走到哪里去啊！”御坂美琴的胡思乱想被上条拉回了现实。
“已经到我宿舍门口了啊！”
“啊啊啊哦哦哦啊到了啊”御坂美琴慌张地扭头一看，身后三四米的房间门口挂着写有“上条”两个字的牌子，而那个刺猬头少年正站在门口一脸不解地看着自己。
就这样，迟钝的上条当麻带着一直在不知道在想什么的御坂美琴进了宿舍。
“我先去做饭，你在屋子里先等会。”
没等御坂美琴有什么反应，上条当麻就一头钻进了厨房，还一边在嘴里念叨着“不幸啊，这回的食客和茵蒂克丝可不一样，常盘台的大小姐可不是量多就能满足的啊……”类似的话。
终于，从大脑过热当机状态中恢复过来的御坂美琴靠在床边上，开始打量起上条当麻的宿舍来。
这是个普通男高中生的宿舍，屋子里有一台电视机，一架摆满漫画书的书柜，一张桌子等，作为宿舍所应有的基本设施倒是一应俱全，但是作为高校的学生宿舍，用来学习的东西却少的可怜。
“这个笨蛋果然是这样呢，一天不知道学习只知道看这些。”御坂美琴呢喃低语道。
“啊啊啊啊啊我为什么那么关心那个笨蛋干什么啊。一定是那个笨蛋帮了我大忙，我只是还人情而已，对，一定是这样。”但一想到这间屋子还曾经住过一位来自英国清教的好像叫做什么茵蒂克丝的修女，御坂美琴的心里就感到十分不爽。
过了一会之后，随着“开饭啦美琴。”的声音传来，上条当麻端着一个大盘子从厨房走了出来，把菜放到桌子上。盘子里是一道普普通通的西红柿炒鸡蛋，红黄二色的菜肴显得十分诱人。上条当麻挠了挠头，不好意思地说，“抱歉啊我就会做这些了，美琴你先吃菜，我去给你把饭盛过来。”
御坂美琴嗯了一声，但又突然意识到什么而满脸通红——
“诶诶诶这个笨蛋刚叫我美琴？”
她靠在床边，低着头，双手在胸前无意识地绞着身上的校服。
这个笨蛋怎么能叫的这么亲密？
难，难道……？
不对不对，肯定是我的错觉。
对，就是这样的。
正当御坂美琴的思想不知道飘到了哪里去时，上条再一次从厨房钻了出来，还端着两碗饭。
“诶，美琴，你是哪里不舒服么？”桌子上的筷子没有任何变化地摆在一边，而一旁的大小姐在那里低着头不知道在干什么。
“美琴你怎么了，发烧了么？”上条放下饭碗，走过来摸了摸御坂美琴的头，说，“也没有什么不对劲啊？美琴你今天怎么这么怪异的。”
“啊啊啊啊啊啊你个大笨蛋！”
少女的刘海出亮起蓝白色的光芒，接着向四周释放出大量的雷击之枪。十万伏特的电流在心情起伏不定的美琴驱动下在室内到处乱窜，房间里所有的电器不约而同的冒出了黑烟。
“喂喂喂不要在这里一边大喊大叫一边bilibili地到处放电啊家里的电器会坏掉的！”
少年一边用右手阻挡着御坂美琴的电击一边到处逃窜着试图将电器从雷电袭击的魔爪中抢救出来。“啊，不幸啊。”的声音响彻了夜空。
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